3.B公司拒绝D公司追索的理由成立。
根据规定，票据债务人不得以自己与持票人的前手之间的抗辩事由对抗持票人。但是，持票人明知存在抗辩事由而取得票据的除外。在本题中，D公司知悉B公司与C公司之间的合同纠纷，B公司可以拒绝D公司的追索。
4.①D公司无权要求E公司承担票据责任。
根据规定，如果保证人未在票据或者粘单上记载“保证”字样而另行签订保证合同或者保证条款的，不属于票据保证。在本题中，E公司未在票据上签章，无需承担票据责任；
②D公司有权依保证合同要求E公司承担保证责任。
根据规定，未在票据或者粘单上记载“保证”字样而另行签订的保证合同，虽不属于票据保证，但仍具有民法上保证的效力，因此，D公司可依据保证合同要求E公司承担连带保证责任。