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解析:本题系概括式提问，要求从程序法和实体法两个维度，全面分析法院应当如何处理。
1.民事诉讼法部分的分析。就民事诉讼法部分的处理，考生需要理解本案是否符合起诉条件，法院是否应当受理本案。根据《民事诉讼法》第122条的规定，起诉必须符合下列条件：（1）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（2）有明确的被告；（3）有具体的诉讼请求和事实、理由；（4）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。本案的原被告系发生民事争议的自然人，案件的请求、事实和理由也十分具体，因此前3项条件显然满足，焦点在于A市中级人民法院对本案是否有权审理，即第4项条件是否能够得到满足。
要解决这一问题，第一步需要分析主管权限，即法院和其他纠纷解决机构在本案审理上的权限分工。此处的焦点问题是，双方当事人关于股权的赠与合同存在仲裁协议，且前案的确在A仲裁委员会审理，因此本案是否应当依然由A仲裁委员会解决。对此需要分析考察仲裁协议的覆盖范围。双方约定的是因该赠与协议所发生的纠纷都提交A仲裁委员会。对此约定应当解释为，与该赠与协议有牵连关系的纠纷应当由A仲裁委员会解决，而牵连关系包括法律牵连和事实牵连。法律牵连即指以因赠与协议而发生的合同原生请求权（履行请求权）和次生请求权（缔约过失和违约的损害赔偿请求权）为请求权基础的纠纷，而事实牵连则指以赠与协议的签订、履行、解除等行为作为要件事实的其他纠纷。本案是李某认为蔡某错误地申请保全给自己造成损害，虽然保全与赠与协议有关，但该纠纷并非以因赠与协议发生的合同原生或次生请求权为请求权基础的纠纷，赠与协议本身也并不作为本案诉讼标的的要件事实，因此本案其实与赠与协议不构成法律上或事实上的牵连。故本案并不落入仲裁协议的覆盖范围，应当由人民法院来主管。
第二步需要分析管辖问题。本案显然不构成专属管辖和协议管辖，因而应当适用法定管辖。虽然本案从纠纷性质来看，属于保全错误给他人造成损害的赔偿纠纷，构成典型的侵权纠纷（最高人民法院《民事案件案由规定》第392条，因申请财产保全损害责任纠纷属于一级案由“侵权责任纠纷”，也可以构成佐证）。但实际上，此类案件的管辖有特别的规则，即《民诉解释》第27条第2款的规定，当事人申请诉前保全后在法定期间内起诉或者申请仲裁，被申请人、利害关系人因保全受到损失提起的诉讼，由受理起诉的人民法院或者采取保全措施的人民法院管辖。故本案应当适用特别法优于一般法的原理，关键要确定釆取保全措施的是哪个法院。
本案的赠与协议纠纷由A仲裁委员会的仲裁庭审理，考生很可能将仲裁中保全措施的管辖法院与仲裁协议的确认、仲裁裁决的撤销和不予执行的管辖法院混同，误认为A市中级人民法院有管辖权。但是，根据最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第9条的规定，在国内仲裁过程中，当事人申请财产保全，经仲裁机构提交人民法院的，由被申请人住所地或被申请保全的财产所在地的基层人民法院裁定并执行。本案中，被申请人住所地在B市，而上市公司的股权，作为财产其体现的是公司的价值，故而也应当认为财产所在地是在甲公司所在地B市。最高人民法院执行局《关于法院能否以公司证券登记结算地为财产所在地获得管辖权问题的复函》（〔2010〕执监字第16号函）也明确肯定了这一点，认为上市公司的股权査封应当由股权的发行公司住所地作为财产所在地。故如题所述，该案件应由B市某基层人民法院管辖，根据S省的级别管辖规则，本案最终的管辖法院只能是B市中级人民法院。因此，从诉讼法上看，A市中级人民法院无权审理本案，应当裁定不予受理，如在受理后始发现无管辖权，则应当移送B市中级人民法院审理。
2.民商法部分的分析。就民商事实体法部分，考生需要理解本题的诉讼标的系财产保全错误的赔偿请求权。《民事诉讼法》第108条规定，申请有错误的，申请人应当赔偿被申请人因保全所遭受的损失。《仲裁法》第28条第3款规定，申请有错误的，申请人应当赔偿被申请人因财产保全所遭受的损失。
本案首先要解决，上述条款究竟是一个独立的请求权基础，还是《民法典》第1165条第1款的注意规定。中国的司法实践和民法理论普遍认为，上述程序法规定并不构成一个独立的请求权基础。因为财产保全原本就是民事诉讼原告和仲裁申请人的一项法定权利，如果不考虑主观要件，只要存在“错误”就要求其承担赔偿责任，必然会大大加重申请人的负担，导致其不敢申请保全。因此，在面临此类案件时，依然应当按照《民法典》第1165条第1款规定的相关要件去判断其请求权是否发生。
一般认为，《民法典》第1165条第1款规定的过错侵权损害赔偿请求权，其发生要件包括存在侵权行为、侵害他人权益、给他人造成损害、损害与行为之间存在因果关系以及该行为具有违法性、行为人存在主观过错。本案中加害行为（蔡某申请保全）、他人权益受到侵害（李某出让自己股权的自由）、损害（李某股权未在高点变现）和过错（蔡某明知财产保全会造成李某财产处分受限而有意申请财产保全）都明显成立，关键在于该行为是否与权益受损之间存在因果关系，以及是否具有阻却违法性的事由。
第一，李某的损失与蔡某的保全是否有因果关系。因果关系包括责任成立因果关系和责任范围因果关系。二者存在先后顺序，因此应当首先考查责任成立因果关系。责任成立因果关系是指侵权行为与被侵害的权益之间是否存在因果关系。本案中，李某未能自由交易其股票，而股票的价格是波动的，从甲公司股票的价格变动情况来看，虽然在股票上市之日和冻结之日的价格分别是每股30元和每股25元，冻结期内的日均收盘价为每股25元，而解冻后首个交易日股票的开盘价为每股15元，李某的确未能在高点套现，进而发生了损害，但是根据《公司法》第141条第2款的规定，公司董事、监事、高级管理人员所持本公司股份自公司股票上市交易之日起1年内不得转让，离职半年内，不得转让其所持有的本公司股份。因此，2017年8月31日从甲公司正式离职的李某作为该公司前高级管理人员，不能在2018年2月28日前转让其所持有的甲公司股份。而甲公司股票在2018年2月1日停牌，2018年9月1日复牌，此时李某持有的股票已经解冻。可以看出，即便法院不釆取保全措施冻结股票，李某也不可能在高点套现，其未能自由交易与蔡某的保全行为之间不满足责任成立因果关系，而系《公司法》的强制性规范和股票市场波动正常的商业风险导致。
第二，蔡某申请保全的行为是否存在违法阻却事由。根据《仲裁法》第28条第3款的规定，只有申请有错误的保全，才需要赔偿措施。换言之，没有错误的保全申请即便最后的确给被申请人带来了财产贬值的损失，也无须承担任何赔偿责任。由此，该条实际是为申请人之“没有错误”的保全申请提供了特殊的违法阻却事由。因此，此处蔡某申请保全的行为是否具有违法性，关键在于解释该规则中的“申请有错误”。在本案中，蔡某提起仲裁的原因是其认为讼争股票依据双方签订的协议，在李某为甲公司服务不满5年的情况下应全额赔偿，为保证将来裁决得以执行，对所涉股票申请了全额保全，虽然生效的仲裁裁决未支持蔡某的全部诉讼请求，但由于双方当事人最初的赠与协议约定“若中途退出，应赔偿蔡某损失［具体金额为受赠股份数x离职之日甲公司股票交易收盘价（如果公司上市）或公司最近一期经审计的每股净资产（如果公司未上市）］”，因此就案件的证据而言，蔡某在提起仲裁和申请保全时是依据赠与协议的字面含义。我国司法实务界和理论界通说都认为，并不能够以判决内容和诉讼请求不一致作为认定是否存在保全错误的标准，而是应当考察申请人是否有通过保全达到其他目的的企图。因为财产保全制度的设立目的是保护当事人的合法权益和保证将来相关的法律文书得以执行，只要申请人申请保全的目的就是保证将来可能的法律文书获得执行，就不能认定其存在错误。人民法院采取保全措施，必然会使被保全的当事人不能自由地对被保全的财产进行事实上或法律上的处分，如果仅以生效仲裁裁决支持的请求额少于保全财产数额来判断蔡某保全错误，与《仲裁法》和《民事诉讼法》设立保全制度的目的不符。因此，蔡某的保全申请并无错误，其行为不具违法性。
由于因果关系和违法性两个要件均不能满足，李某的诉讼请求不可能得到法院的支持。
【答题要点】
本案需要从民事诉讼法和民事实体法两方面对案件能否得到受理以及最终的裁判结果进行分析。
1.民事诉讼法部分。李某的起诉须符合《民事诉讼法》规定的起诉条件。本案原告和被告均是适格的、明确的当事人，原告针对被告的错误保全提出了具体的诉讼请求、事实和理由，且本案系蔡某错误申请保全引发的侵权案件，虽然与股权赠与协议有一定的关联，但申请保全本身与股权赠与协议无关，并不构成在法律上或事实上与该协议有关的纠纷，因此不属于仲裁协议的效力覆盖范围，应当由人民法院主管。
在具体的管辖法院上，根据《民诉解释》第27条第2款的规定，当事人申请诉前保全后在法定期间内起诉或者申请仲裁，被申请人、利害关系人因保全受到损失提起的诉讼，由受理起诉的人民法院或者采取保全措施的人民法院管辖。因此，本案的管辖法院应当是当初蔡某通过A仲裁委员会申请釆取保全措施的法院。根据最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第9条的规定，在国内仲裁过程中，当事人申请财产保全，经仲裁机构提交人民法院的，由被申请人住所地或被申请保全的财产所在地的基层人民法院裁定并执行。因此，有权采取保全措施的法院只能是李某住所地法院或者股权所属的公司的住所地基层人民法院，这两个连结点都指向S省B市的法院。根据题目所示，该省2000万元以上标的金额的案件应当由中级人民法院管辖，故本案的管辖法院应当为S省B市中级人民法院。
李某向A市中级人民法院起诉，不符合《民事诉讼法》第122条第4项的规定，法院应当裁定不予受理，如果A市中级人民法院受理后方才发现，则应当裁定移送至B市中级人民法院。
2.民商法部分。本案系侵权纠纷，且虽然《仲裁法》有关于保全错误应当由申请人赔偿损失的规定，但从立法目的看，该条规定并不是将过错要件去除的特别侵权规则的规定，因此仍然应当适用《民法典》第1165条第1款的过错侵权规则。
李某未能在高点及时将甲公司股票套现，的确存在损失，而蔡某申请保全导致李某的股票冻结，且最终其诉讼请求并未全部得到仲裁庭的支持，故可认为存在行为。但根据《公司法》的规定，李某作为公司高级管理人员，在离职后半年内不能出售甲公司的股票，也就是在2018年2月28日前不能转出股票。甲公司股票在2018年2月1日停牌，2018年9月1日复牌，而李某的股票已经于2018年7月31日解冻。因此，从因果关系上看，李某未能及时交易的原因并非蔡某申请保全，而是《公司法》的相关规则。
此外，在违法性要件上，蔡某申请保全是行使自己的法定权利，且目的是实现合同文义上约定的损害赔偿请求权，因此虽然其主张最后未全部得到仲裁庭的支持，但不能以此认定存在错误的保全申请，故其申请保全的行为不具有违法性。
综上所述，李某的诉讼请求不满足过错侵权的相关构成要件，蔡某的申请保全行为与李某的损失并不存在因果关系，且不构成错误申请保全，相关有管辖权的法院应当判决驳回李某的诉讼请求。
【扩展分析】
1.仲裁协议的效力范围。当事人在合同中约定“与合同有关的一切纠纷应当提交x仲裁委员会”时，此一仲裁协议具体能够涵摄的纠纷的范围为何需予澄清。《仲裁法解释》第2条规定：“当事人概括约定仲裁事项为合同争议的，基于合同成立、效力、变更、转让、履行、违约责任、解释、解除等产生的纠纷都可以认定为仲裁事项。”此外，还需要注意在责任竞合情况下仲裁事项的范围问题。我国《民法典》第186条规定，因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。如果当事人在合同中约定了仲裁条款，在主张侵权责任的情况下，能否根据仲裁条款申请仲裁或对法院的诉讼管辖提出异议呢？
在一方当事人的违约行为侵害对方当事人人身权益的情况下，依据仲裁协议以侵权为由申请仲裁存在困难。因为我国《仲裁法》第2条规定的可仲裁事项限于财产权益纠纷，而不包括人身权益纠纷，在此情况下，当事人应当通过诉讼解决纠纷。在一方当事人的违约行为侵害对方财产权益的情况下，则不存在这样的困难。例如，在江苏省物资集团轻工纺织总公司诉（香港）裕亿集团有限公司、（加拿大）太子发展有限公司侵权损害赔偿纠纷案中，最高人民法院认为，卖方的侵权行为发生在合同的订立和履行过程中，依然受仲裁协议的约束，法院无管辖权。因此，如果当事人在仲裁协议中约定了与本合同有关的一切争议遵守合同仲裁条款约束的话，因履行合同而产生的侵权纠纷属于仲裁协议约定仲裁事项范围，应当由仲裁机构管辖。最高人民法院在《第二次全国涉外商事海事审判工作会议纪要》第7条也明确述及：“涉外商事合同的当事人之间签订的有效仲裁协议约定了因合同发生的或与合同有关的一切争议均应通过仲裁方式解决，原告就当事人在签订和履行合同过程中发生的纠纷以侵权为由向人民法院提起诉讼的，人民法院不享有管辖权。”
综上所述，当事人在约定将与合同有关的纠纷提交仲裁时，其目的仅在于仲裁解决双方交易过程中可能产生的纠纷，因此“与合同有关的一切纠纷”应当解释为与该合同有牵连关系的纠纷，而牵连关系包括法律牵连和事实牵连。法律牵连即指以因合同而发生的原生请求权（合同履行请求权）和次生请求权（缔约过失和违约的损害赔偿请求权）为请求权基础的纠纷，而事实牵连则指以合同的签订、履行、解除等行为作为要件事实的其他纠纷。
2，财产所在地的判断。就有体物而言，财产所在地相对容易判断；但对于无体物而言，财产所在地如何确定则易引发困惑。
就股权的所在地，在最高人民法院执行局《关于法院能否以公司证券登记结算地为财产所在地获得管辖权问题的复函》中，最高人民法院明确表示，“证券登记结算机构是为证券交易提供集中登记、存管与结算服务的机构，但证券登记结算机构存管的仅是股权凭证，不能将股权凭证所在地视为股权所在地。由于股权与其发行公司具有密切的联系，因此，应当将股权的发行公司住所地认定为该类财产所在地”。对于其他无体物，也应根据司法解释的具体规则或《民事诉讼法》《民法典》的一般原理，对财产所在地作出更为准确的分析判断。
3.注意规定与过错侵权一般条款。侵权法以填补损害为基本功能，因而不可能如刑法那样，确立所谓的“侵权行为法定原则”。但是，侵权法又不可能通过列举来穷尽社会生活中的各类侵权行为，因此侵权法上特别需要通过一般条款来应对各种侵权行为，尤其是解决新型人身权益和财产权益的保护问题，从而有效地实现自由与安全的协调。一般条款是基于侵权责任之原理，贯彻侵权责任法立法目的的条款。由于过错原则是侵权责任的基本归责原则，无过错责任与过错推定责任需要法律明文规定，故严格来说，一般条款实际是指侵权责任法中用来规定过错责任原则的法律条款。
一般认为，过错侵权的一般条款是《民法典》第H65条第1款。该条款规定了发生被侵权人的请求权（行为人承担侵权责任）这一法律后果的完整的构成要件，凡满足全部构成要件即构成侵权。一般条款统领一般侵权责任，作为一般侵权责任的请求权基础规范，起着调整一般侵权责任的作用。
“注意规定”的概念（包括其与法律拟制的比较）在我国刑法学界使用较多，指“在法律已作基本规定的前提下，提示司法工作人员注意，以免司法工作人员忽略的规定”，因其不会增添任何新的构成要件或法律效果，所以只具有提示性，删除亦无实质影响。其常常具备完全规范的表象，但实际上并未规定特殊的构成要件或法律效果，甚至可能遗漏构成要件，造成法条理解和适用上的困惑。例如，《民法典》第238条规定，侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。相对于侵权的一般条款，其遗漏了过错要件。因为在解释上若不承认过错要件，一则将抹杀过错侵权和无过错侵权的区分，但凡侵害物权，竟一律为无过错责任；二则将导致物权保护和人身权保护的价值失衡，物权侵权一律为无过错责任，人身权侵权却原则上为过错责任，人身权的保障力度反倒弱于物权。因此，侵权问题仍应回到侵权的一般条款处理，方能够妥善平衡自由与安全的价值。
4.过错侵权的构成要件体系。《民法典》第1165条第1款规定：“行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。”这是关于一般侵权行为(过错责任)的基本规定。一般认为，该款规定的过错侵权损害赔偿请求权的发生要件包括：
(1)存在加害行为。作为侵权责任构成要件的加害行为是指侵害他人民事权益的、受意志支配的人之行为。依其表现形态不同，行为分为作为与不作为，不作为若构成加害行为则被请求人须有作为的义务。
(2)侵害他人权益，实质是民事权益遭受侵害的客观事实。本款中的“民事权益”，在《侵权责任法》(已失效)第2条第2款中已经给出定义，包括各种“人身、财产权益”，通说认为不仅包括绝对权，而且包括其他权益(债权和其他利益)。但有学者认为由于债权和其他纯粹经济利益不具有公开性，第三人难以了解其存在，因此应当仅在故意违反善良风俗而损害他人的该利益时，才应当承担赔偿责任。
(3)给他人造成损害，包括财产性损害和非财产性损害(精神损害)。
(4)损害与行为之间存在因果关系。因果关系的判断标准，主流观点釆相当因果关系说，即包括条件关系(事实上的因果关系)与相当性(法律上的因果关系)。
(5)该行为具有违法性，即不存在违法阻却事由。违法阻却事由一般包括：①权利的行使；②行使职务；③正当防卫；④紧急避险；⑤受害人的允诺；⑥自助行为；⑦无因管理。但是无因管理作为违法阻却事由仅仅指其“管理行为承担”不具有违法性。
(6)主观过错，即行为人具有故意或过失。